В 2013 году в ФБК появился отдел расследований, открылся филиал в Санкт-Петербурге, а юристы фонда начали писать собственные законопроекты. Первыми результатами деятельности отдела расследований стала отставка депутата Пехтина, а также обнародование данных об офшорной империи Владимира Якунина и дачном кооперативе «Сосны».